据明报报导，在中国表示强烈不满下，台湾的总统陈水扁4月8日午参加了教宗若望保禄二世的殡葬弥撒，罗马教廷方面按照法文字母排序，以Taiwan的法文写法，让陈水扁坐在元首区第一排第四个位置。台湾外交部发言人吕庆龙表示，陈水扁在葬礼前20多分钟抵达，并利用空档跟美国总统布殊及前总统克林顿作短暂交谈。

中国外交部8日重申对梵蒂冈和意大利向陈水扁发出签证让他出席丧礼表示「强烈不满」。发言人秦刚说：「我们要求意方从中意关系的大局出发，采取切实措施，避免类似情◆的发生……陈水扁的真实目的，是借机在国际上搞两个中国、一中一台的分裂活动，这是中方坚决反对的。」

对于中梵关系，秦刚表示中国政府坚持的两条基本原则（与台断交承认一个中国、不干涉中国内政）是一贯的，从未改变，中方希望梵方以实际行动为改善中梵关系创造条件，而不是设置新的障碍。他强调，中方已对教宗去世表示哀悼，在目前情况下，中方不会派团出席教宗葬礼。

陈水扁是台北首位访问欧洲及梵蒂冈的总统，这次出席丧礼行程亦被视为台北政府一次外交胜利。陈水扁的专机在香港时间8日早7时13分抵达罗马机场，梵蒂冈教廷大礼官亲自登机欢迎，也受到意大利政府的通关礼遇。随后搭乘意大利政府提供的避弹车前往下榻的饭店，陈水扁率领的代表团所受到的礼遇与其他各国元首无异。

这次教宗的丧礼各国元首政要是以国名的法文字母排列座位，陈水扁是以Taiwan（台湾）的名称，而非按Republicof China（中华民国）排序，获安排坐在第一排第四个位，位于叙利亚总统与坦桑尼亚政要之间。预料这会进一步招来北京当局的不满，给中梵改善关系再泼一盆冷水。

台湾媒体报道，陈水扁在警车开道下，提早20分钟抵达现场。台湾外交部发言人吕庆龙表示，陈水扁在进场前的空档，曾跟美国总统布殊及前总统克林顿短暂交谈，双方气氛融洽。在教宗丧礼后，陈水扁特别安排前往台湾驻教廷大使馆视察，跟驻教廷大使馆、驻意大利代表处人员餐叙，随后才搭专机返台。

尽管中国政府不希望有高调的教宗悼念活动，但是在北京的天主教会，不管是官方或是地下教会，都各自以不同形式悼念教宗。美国孔枢机基金会透露，中国大部分地下天主教会都低调地进行教宗追思活动。

中央电视台的职员接受查询时表示，没计划播出教宗丧礼的片段。支持中国地下天主教会的美国「龚枢机基金会」对大陆封杀教宗丧礼消息感到震惊，发言人说：「我不相信教徒会藉悼念教宗而起义，所有在中国的教徒都是爱国的。」

但在有不少天主教地下教堂的河北省保定，一名地下教堂的成员表示，他相信很多人会为教宗祈祷，「我们很哀伤，我们认为他是一个伟人。」自教宗去世消息传出，保定的气氛紧张，当局看来是担忧悼念教宗活动会引发社会动汤。

法新社报导说，在北京宣武门，官方认可的天主堂南堂，8日早上有大批信徒参加弥撒，虽然那不是专为教宗而设的追思弥撒，但很多信徒都把这次弥撒，视为个人对教宗的追思会。教堂内有很多年老的信徒，他们手拿念珠，低头默祷，有些更流下泪来。

在天津市一间教堂，有300名教徒下午4时聚集举行弥撒，时间刚好与教宗追思弥撒相符。在上海，亦有教堂低调进行悼念教宗的弥撒。上海圣依纳爵主教座堂表示，会在周六早上举行教宗追思会，相信届时会有数千人出席。中国政府在1951年与梵蒂冈断绝外交关系，而梵蒂冈一直与台湾保持邦交。