与98式一样，99式也装备有JD-3型激光主动对抗系统。该系统由微机控制器、跟踪转台及随动系统、激光压制仪、热成像，激光测距仪、干扰机(气体激光发射机)组成。当该系统接受到来自敌方坦克的激光束后，告警系统会迅速发出信号，以使炮塔转向激光辐射源。之后，JD-3系统会发射出一束强度较弱的激光，以确定目标的准确为止。接下来，激光束的强度会在短时间内突然增加到非常危险的水平，导致敌方的光线设备失效或操作人员视力受损。

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俄制T-90主战坦克

与此同时，99式坦克的火控系统也得到了进一步的完善。该系统包括瞄准手和车长使用的瞄准仪(配备单独的稳定装置)、激光测距仪、热成像仪、数字化弹道计算机、武器稳定仪、大量的传感器(负责搜集大气条件、炮筒损耗等数据)、目标自动追踪系统和配备有彩色显示器的多用途车长操作台。热成像仪获取的图像可直接传送到车长和瞄准手面前的彩色显示器上(放大倍数为11.4倍和5倍)。另外，99式坦克还装备有惯性和卫星导航系统，接收到的信息同样也可显示在车长面前的显示器上并与电子地图相叠加。该型坦克还配备有现代化的无线电台。

99式坦克的主要武器是一门仿制自俄罗斯2A46坦克炮的125毫米滑膛炮(炮管上安装有隔热套)，使用钨合金尾翼稳定脱壳穿甲弹时，可在2000米距离上击穿850毫米的均质装甲，而使用特种合金穿甲弹时，同距离穿甲能力达960毫米以上。与98式相同，99式也装备了自动液压装弹机(机内备弹22发)。坦克内总共可储存41发炮弹，穿甲弹、碎甲爆破弹和9M119型激光制导炮射反坦克导弹。辅助武器由一挺86式7.62毫米并联机枪和一挺W-85式12.7毫米防空机枪组成。此外，炮塔两侧还各安装有一套84型5筒烟雾发射器。

99式坦克装备的水冷式涡轮增压柴油发动机功率为1500马力，由德国的MB871ka501发展而成，在坦克重量为54吨时，发动机的功率系数为27.78马力/吨。其在公路和野外崎岖路面行驶时的最大速度分别为80千米/小时和60千米/小时。坦克由静止加速到32千米/小时所用时间为12秒，最大行程为600公里。

99式的整体性能较中国以前研制的主战坦克有明显提升，并且其先进程度已超过了俄制的T-80和T-90，与西方主流坦克和T-90的改进型号大体相当。

在首批40辆99式坦克下线后，其生产虽然仍在继续，但速度比较低。目前，这种现代化的坦克只用于装备驻扎在北京军区和沈阳军区的解放军精锐部队。