据明報報導，在中國表示强烈不滿下的總統陳水扁4月8日午參加了教宗若望保禄二世的殯葬彌撒，羅馬教廷方面按照法文字母排序，以Taiwan的法文寫法，讓陳水扁坐在元首區第一排第四個位置外交部發言人吕廈龍表示，陳水扁在葬禮前20多分鐘抵達，并利用空檔跟美國總統布殊及前總統克林頓作短暫交談。

中國外交部8日重申對梵蒂岡和意大利向陳水扁發出籤證讓他出席喪禮表示「强烈不滿」。發言人秦剛説：「我們要求意方從中意關係大局出發，采取切實措施，避免類似情◆的發生……陳水扁的真實目的，是借机在國際上搞兩個中國、一中分裂活動，這是中方堅决反對的。」

對于中梵關係秦剛表示中國政府堅持的兩條基本原則（与~shit交承認一個中國、干涉中國内政）是一貫的，從未改變，中方希望梵方以實際行動為改善中梵關係造條件，而不是設置新的障礙。他强調，中方已對教宗去世表示哀悼，在目前情况下，中方不會派團出席教宗葬禮。

陳水扁首位訪問歐洲及梵蒂岡的總統，這次出席喪禮行程亦被視為~shit政府一次外交胜利。陳水扁的專机在香港時間8日早7時13分抵達羅馬机場，梵蒂岡教廷大禮官親自登机歡迎，也受到意大利政府的通關禮遇。隨后搭乘意大利政府提供的避彈車前往下榻的飯店，陳水扁率領的代表團所受到的禮遇与其他各國元首無异。

這次教宗的喪禮各國元首政要是以國名的法文字母排列座位，陳水扁是以Taiwan）的名稱，而非按Republicof China（中華民國）排序，獲安排坐在第一排第四個位，位于叙利亞總統与坦桑尼亞政要之間。預料這會進一步招來北京當局的不滿，給中梵改善關係潑一盆冷水。

儘管中國政府不希望有高調的教宗悼念活動，但是在北京的天主教會，不管是官方或是地下教會，都各自以不同形式悼念教宗。美國孔樞机基金會透露，中國大部分地下天主教會都低調地進行教宗追思活動。

中央電職員接受查詢時表示，没計划播出教宗喪禮的片段。支持中國地下天主教會的美國「龔樞机基金會」對大陸封殺教宗喪禮消息感到震惊，發言人説：「我不相信教徒會藉悼念教宗而起義，所有在中國的教徒都是愛國的。」

但在有不少天主教地下教堂的河北省保定，一名地下教堂的成員表示，他相信很多人會為教宗祈禱，「我們很哀傷，我們認為他是一個偉人。」自教宗去世消息傳出，保定的气氛緊張，當局看來是擔憂悼念教宗活動會引發社會動湯。

法新社報導説，在北京宣武門，官方認可的天主堂南堂，8日早上有大批信徒參加彌撒，雖然那不是專為教宗而設的追思彌撒，但很多信徒都把這次彌撒，視為個人對教宗的追思會。教堂内有很多年老的信徒，他們手拿念珠，低頭默禱，有些更流下泪來。

在天津市一間教堂，有300名教徒下午4時聚集舉行彌撒，時間剛好与教宗追思彌撒相符。在上海，亦有教堂低調進行悼念教宗的彌撒。上海圣依納爵主教座堂表示，會在周六早上舉行教宗追思會，相信届時會有數千人出席。中國政府在1951年与梵蒂岡斷絶外交關係而梵蒂岡一直与~shit保持邦交。