記者張永泰媒体報導總統馬英九有意將前總統陳水扁執政時期的國務机要費檔案進行解密。不過，民進党立委則批評，此舉是搞清算斗爭，將造成嚴重的憲政問題。
對此，陳水扁辦公室則發布新聞稿指出，現任總統如果隨意解除前任總統所核定的机密資料，可能涉及違憲，此外，司法單位也無權審查總統的統治行為。
民進党立院党團干長賴清德表示，如果接任總統的人，都可以隨意將机密文件解密的話，將造成嚴重的憲政問題。
他説：“他本于職權，站在國家的利益上去看這個事情，而不是站在政党斗爭，清算，追殺的立場去看待國務机要費的資料。”
民進党立委邱議瑩邃認為，馬英九對于机密文件應該深思熟慮，如為了打擊陳水扁而輕率的進行解密，當然就犯了内亂外患罪。
*國民党：總統有權解密*不過，國民党立法院党團書記長張碩文則表示，陳水扁如果心中没有鬼，又何必擔心國務机要費解密？國民党立委邱毅邃指出，根据國家机密保護法的規定，現任總統當然有權就相關資料進行解密。
他説：“國家机密保護法29條很明白的説，在机密資料解密之前，如果原核定單位，或權責人覺得没有保密的必要，他就有權力可以解密的，那原來核定單位就是總統。”
2年前鬧得沸沸揚揚的國務机要費案，檢方認定第一夫人吴淑珍女士假藉國務机要費核銷的机會，以各种收据連續詐領1480万408元，檢方并依貪瀆、僞造文書等罪嫌予以起訴。
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